近日，威廉希尔williamhill水产寄生虫病与资源微生物团队在Scientific Data上发表题为“Chromosomal-level genome assembly of Trypanosoma carassii, the etiologic agent of a recent outbreak of trypanosomiasis in cage-cultured large yellow croaker (Larimichthys crocea) in China”的研究论文，首次完成了鲫锥虫（Trypanosoma carassii）大黄鱼分离株染色体水平的基因组组装与解析，是全球首份水生锥虫高质量参考基因组，将为近年来危害严重的养殖鱼类锥虫病防控提供了关键数据支撑。

　　锥虫是一类单细胞人畜共患寄生血鞭毛虫，可引发严重锥虫病。2023年9月，中国东南沿海（福建和浙江）网箱养殖大黄鱼（Larimichthys crocea）暴发的锥虫病导致鱼群日死亡率最高可达种群总量的1%，感染70天内的累计死亡率接近60%。团队与中山大学赖德华教授团队合作首先通过形态比较、分子标记测序和感染试验证实了其致病原为鲫锥虫（Trypanosoma carassii），鉴于其出现了一定的遗传分化，将其命名为鲫锥虫大黄鱼分离株（T. c. larimichthys）。目前，全球锥虫基因组研究多集中于陆生哺乳动物与医学相关物种，水生锥虫基因组数据长期处于空白状态，极大制约了深入开展病原的进化机制、宿主适应策略及病害防控技术等相关研究。

　　本研究依托PacBio HiFi长读长测序与Hi-C染色质构象捕获技术，构建了首个染色体水平的水生锥虫基因组。其基因组大小为48.55 Mb，包含34条染色体与9条scaffold，染色体锚定率为98.08%，GC含量为45.33%，contig N50与scaffold N50长度为139.15 Kb，BUSCO完整性达到100%，基因组质量达参考级水平。

　　基因组分析结果显示，重复序列占比53.29%，共注释11,584个蛋白编码基因，其中95.36%的基因（11,046个）得到了功能注释。同义替换率（Ks）分析表明，该基因组近期发生显著基因复制事件，可能存在全基因组复制（WGD），为解释其宿主适应性与环境耐受性提供了关键遗传线索。

　　鲫锥虫基因组的解析不仅为研究其跨海水-淡水生境适应、免疫逃逸、致病机制等奠定基础，也为大黄鱼等重要养殖鱼类锥虫病的快速检测、药物靶点筛选、疫苗开发与生态防控提供核心数据资源。团队博士生刘乃成为该论文第一作者，信召哲博士为通讯作者。该工作得到了国家重点研发计划（2025YFD2400300）和国家现代农业产业技术体系海水鱼体系寄生虫病防控岗位科学家（CARS-47）等项目的支持。
论文链接：https://www.nature.com/articles/s41597-026-07366-1